Cục Hậu cần có chức năng giúp Đảng ủy và Bộ Tư lệnh hoặc thủ trưởng cấp mình quản lý công tác bảo đảm hậu cần, đồng thời là cơ quan nghiệp vụ cấp trên của Phòng (ban) hậu cần đơn vị cấp dưới trực thuộc. Hoạt động dưới sự lãnh đạo trực tiếp của đảng ủy, sự chỉ đạo, hướng dẫn của Thủ trưởng cùng cấp và sự chỉ đạo, hướng dẫn của Tổng cục Hậu cần